Pedro Manuel Martínez Profesor del Máster en Big Data de la Universidad Isabel I
Lun, 06/04/2020 - 19:13

Coronavirus COVID-19

La necesidad de atender los importantes problemas de salud surgidos tras la irrupción del virus SARS-CoV-2 ha generado una crisis sanitaria de orden internacional, en la que se están evidenciando las carencias que tienen los sistemas de salud de la mayoría de países del primer mundo de cara a responder eficientemente a una amenaza de esta envergadura. Ante esta situación, la sociedad demanda respuestas inmediatas y espera ansiosa que la ciencia desarrolle in extremis la deseada vacuna. Esta urgencia puede chocar de frente con el método científico. En España, así como en otros países, la impaciencia se ve alentada en gran medida por los medios de comunicación y por una clase política que, tras años contemplando impasible la creciente precarización laboral de la comunidad científica, ahora condiciona sus decisiones a la opinión de expertos sanitarios y promete al contribuyente el desarrollo de tratamientos a corto plazo. Todo ello ocurre además en la era de la sociedad hiperconectada, en la que la información (y desinformación) fluye de forma desbocada. Una posible consecuencia es la aparición de una ciencia al estilo fast food, en cuya elaboración y consumo es más importante la premura que la evidencia. En este artículo repasamos algunos ejemplos de cómo la ciencia está contribuyendo a la difusión de fake news relacionadas con el tratamiento y origen de COVID-19 y analizamos de forma sistemática la reciente irrupción de estudios asociados al coronavirus en revistas científicas.

Pre-prints como fuente de evidencia

En los últimos años, los laboratorios de ciencias de la vida están haciendo uso cada vez más de repositorios públicos de pre-prints para dar a conocer sus avances antes de ser publicados en revistas científicas. Tanto es así que muchas de las propias revistas aconsejan la publicación de los trabajos que reciben en estos repositorios. Por un lado, los pre-prints ayudan a los autores de los artículos a recibir feedback de otros expertos, y así mejorar o matizar sus estudios de forma dinámica y abierta a toda la comunidad científica. Por otro lado, a las revistas les facilita el proceso de revisión y les permite tantear el posible impacto que puede tener un trabajo de cara a una potencial publicación. Pero a pesar de estos evidentes beneficios, debemos ser conscientes de que los pre-prints no han pasado el filtro de la revisión por pares que sí pasan los artículos publicados en revistas científicas. Hay que abordarlos por tanto con mucha precaución, y en ningún caso interpretar los resultados como evidencia alguna.

Uno de los bulos sobre el SARS-CoV-2 que más se ha compartido en redes sociales es que el virus ha sido diseñado deliberadamente en un laboratorio como un híbrido entre un coronavirus pre-existente y el virus del sida. Esta interpretación, por “ikerjimenesca” que sea (permítaseme el término), tiene su origen en un pre-print publicado en el repositorio bioRxiv, la base de datos de pre-publicaciones sobre Biología de uso más extendido. En dicho estudio, publicado el 31 de enero, los autores aseguran haber identificado literalmente “misteriosas similitudes” entre ambos patógenos que según ellos “es improbable que sean fortuitas”. El estudio fue retirado por los propios autores dos días después, argumentando errores en el análisis genómico.

Otro ejemplo claro de la falta de cautela en la interpretación de pre-prints tiene que ver con el famoso pangolín. Este curioso mamífero, más alejado evolutivamente del armadillo que lo que sugiere su aspecto, saltó al estrellato mediático cuando la prensa se hizo eco de un estudio publicado el 20 de febrero, de nuevo en bioRxiv, en el que se llevó a cabo un análisis genómico comparativo de un coronavirus aislado de pangolines malayos, un coronavirus recientemente identificado en murciélagos y SARS-CoV-2. En este caso, los autores sugieren que este último podría haberse originado de la recombinación de coronavirus de pangolín y murciélago, haciendo así el pangolín de anfitrión intermediario de SARS-CoV-2. Poco después vio la luz un estudio más completo, publicado (ahora sí) en la revista Journal Of Medical Virology, en el que se analizaron decenas de genomas de cepas de virus aisladas entre finales de diciembre y principios de febrero. Los datos que arroja esta publicación parecen descartar que SARS‐CoV‐2 provenga del pangolín, y el mayor parecido que los autores encuentran con coronavirus aislados de murciélagos sugiere que el posible origen del virus se encuentra en estos últimos. Según esta interpretación, SARS‐CoV‐2 probablemente acabó pasando de murciélagos a otro animal antes de infectar a humanos.

Más allá del pre-print

Por desgracia, la ciencia fast food no sólo deriva de repositorios de pre-prints. El pasado 17 de marzo, la revista International Journal of Antimicrobial Agents publicó un artículo en el que se propone la hidroxicloroquina como tratamiento contra COVID-19. La hidroxicloroquina es un medicamento de probada eficacia contra la malaria, así como para tratar el lupus y la artritis reumatoide. Sin entrar en el contenido del artículo, muy criticado por la comunidad científica, lo que más llama la atención es que entre la fecha en que fue enviado a la revista y la aceptación final pasaron escasas 24 horas. En este caso, podría tratarse de una flagrante falta de ética científica, ya que el editor en jefe de la revista es uno de los autores del trabajo. El propio gobierno de España ha intentado hacerse con el medicamento, que al parecer se está agotando en todo el mundo, con las graves consecuencias que ello conlleva para los pacientes con lupus o reuma, por ejemplo. Más allá de que la hidroxicloroquina acabe probando su eficacia contra COVID-19, el plazo entre envío y aceptación hace imposible que el estudio haya sido revisado convenientemente, y el proceso de revisión por pares es parte esencial del método científico.

Ciencia básica y aplicada simultáneas

El ejemplo anterior es un caso paradigmático de ciencia fast food, pero la ausencia de revisión no es la única consecuencia de la premura de la situación actual. La inevitable prisa hace que se esté alterando el orden lógico en el que primero se desarrolla la ciencia básica, que describe la realidad, y luego la ciencia aplicada, que en base al conocimiento exhaustivo de esa realidad, construye sobre ella. En condiciones normales, hacen falta años hasta llegar al conocimiento de los detalles moleculares de una patología para empezar con los ensayos clínicos, que suelen llevar otros tantos años. La pandemia en la que estamos inmersos hace que ciencia básica y aplicada se lleven a cabo simultáneamente, es decir, estamos construyendo casas sin antes asentar los cimientos. Los gobiernos, además, están dedicando partidas importantes al estudio de SARS-CoV-2, y las revistas científicas invitan a los investigadores a enviar trabajos relacionados con este patógeno. Resulta lógico suponer que el número de artículos publicados en los últimos meses relacionados con COVID-19 ha debido crecer notablemente respecto a años anteriores en comparación con artículos asociados a otras patologías. Para observar esta tendencia, hemos comparado el número de artículos disponibles en PubMed desde 1980 hasta el 31 de marzo de 2020 cuyos títulos contuvieran los términos (en inglés) cancer, alzheimer, diabetes y coronavirus. Representando el número de artículos en el eje de ordenadas y los años en el de abscisas, obtenemos los diagramas de barras de la Figura 1.

Figura 1. Artículos disponibles en PubMed de 1980 a 2020 asociados a los términos cancer, alzheimer, diabetes y coronavirus.

Lo primero que puede observarse es que para los términos cancer, alzheimer y diabetes, la tendencia es claramente ascendente, con la obvia excepción de 2020, del que sólo han transcurrido 3 meses. Esta tendencia no es exclusiva de estos términos, y se explica por el hecho de que, en los últimos 40 años, tanto el número de investigadores como el de revistas científicas han aumentado de forma constante. Pese a esto, el número de artículos asociados al término coronavirus en lo poco que llevamos de 2020 es más del doble que en todo 2019. También pueden apreciarse dos repuntes en los últimos 20 años, correspondientes al brote de SARS-CoV de 2002-2004 y al de MERS-CoV de Oriente Medio, identificado en 2012. Si normalizamos por días del año contabilizados, la tendencia en 2020 se enfatiza aún más (Figura 2).

Figura 2. Media de artículos diarios disponibles en PubMed de 1980 a 2020 asociados a los términos cancer, alzheimer, diabetes y coronavirus.

En efecto, el número de estudios sobre coronavirus en lo que llevamos de año ha aumentado considerablemente en comparación con años anteriores. A continuación, nos preguntamos si el contenido de los mismos refleja también un aumento en ciencia aplicada. En este caso, restringimos el análisis a artículos asociados al término coronavirus desde 2016 hasta ahora, y buscamos los términos que más se repiten en los abstracts. A fin de simplificar el análisis, seleccionamos los 20 términos que más se repiten al año, sin contabilizar preposiciones, artículos, ni números. Para mostrar las coincidencias entre términos de los años entre 2016 y 2020, realizamos una superposición de los 5 conjuntos mediante un diagrama de Venn (Figura 3, centro), en el que el conjunto correspondiente a 2020 está coloreado en rojo y los correspondientes al resto de años en distintas gamas de azul. Puede apreciarse que los asociados a 2020 coinciden menos con los relativos a los 4 años anteriores que estos últimos entre sí. De hecho, 12 de los 20 términos más frecuentes en 2020 (60%) no aparecen en ninguno de los años de 2016 a 2019. Por contra, los conjuntos relativos a estos últimos muestran una coincidencia de entre 14 y 17 términos (del 70 al 85%) cuando se comparan dos a dos. Esto indica que en 2020 parecen predominar términos a los que se acudía con menos frecuencia en años anteriores, algo lógico teniendo en cuenta que COVID-19 es una enfermedad de reciente aparición.

Análisis comparativo de términos más frecuentes en abstracts de artículos asociados al coronavirus entre 2016 y 2020.

Figura 3. Análisis comparativo de términos más frecuentes en abstracts de artículos asociados al coronavirus entre 2016 y 2020.

A la izquierda en la Figura 3 se han representado los 20 términos más frecuentes en 2020 usando circunferencias, de forma que el tamaño de las mismas, así como el de los términos asociados, son proporcionales a la frecuencia de aparición en los abstracts. Se han coloreado en rojo los 12 términos de nueva aparición y en gris aquellos que aparecen al menos en uno de los años de 2016 a 2019. Como es de esperar, algunos términos de nueva aparición tienen que ver con la particularidad de SARS-CoV-2, como china, wuhan o covid. Curiosamente, aparecen también los términos treatment y clinical, lo que sugiere que efectivamente hay una tendencia a la ciencia aplicada en los trabajos recientes sobre coronavirus. Esto es especialmente llamativo si tenemos en cuenta que el patógeno se identificó hace apenas tres meses, por lo que no sólo se ha generado una desmesurada producción de estudios en tan poco tiempo, sino que desde el momento de la identificación del virus parece estar llevándose a cabo ciencia aplicada.

Por otro lado, a la derecha en la Figura 3 se han representado los términos más comunes en los años del 2016 al 2019 que no aparecen en 2020. De nuevo se aprecian términos específicos del coronavirus con más incidencia por entonces (MERS-CoV), como merscov, mers, middle o east. Cabe destacar que, aunque MERS-CoV fue identificado en 2012, todavía no existe tratamiento alguno contra este virus, a pesar de que se está trabajando activamente en ello. Aún así, en los últimos 4 años, el único término relacionado con el desarrollo de tratamientos es la palabra vacuna (vaccine), y es precisamente el término menos frecuente, apareciendo sólo en 2019. Esto parece indicar una mayor propensión a la ciencia básica en los cuatro años precedentes a 2020, lo que cuadraría más con un orden lógico en el desarrollo de tratamientos, en el que primero se describe la patología y a continuación empieza la fase clínica.

Los datos que aquí mostramos sugieren un cambio de tendencia a la hora de abordar enfermedades similares, pasando a simultanear ciencia básica y aplicada desde el mismo momento de detección del patógeno. En cualquier caso, este análisis es sólo una aproximación superficial y en ningún caso pretende ser concluyente. Quizá este efecto de simultaneidad entre ambas ciencias es algo que ocurre habitualmente cuando surgen brotes de este tipo, y pueda también observarse en los años en que emergieron SARS-CoV y MERS-CoV.

A modo de conclusión

Es innegable que la crisis sanitaria en la que estamos inmersos requiere medidas excepcionales y urgentes, y parece sensato que muchas de ellas vayan encaminadas al desarrollo de tratamientos que ayuden a combatir el virus SARS-CoV-2. Sin embargo, la emergencia de la situación, así como la incertidumbre y los miedos que genera, están favoreciendo la difusión de bulos de todo tipo, muchos de los cuales tienen su origen en la propia producción científica. La sociedad debe estar alerta y ser precavida a la hora de interpretar los resultados publicados, así como desde la comunidad investigadora debemos extremar la rigurosidad al llevar a cabo nuestros estudios. Sería injusto, sin embargo, no reconocer que la emergencia, y por supuesto la tecnología actual, han hecho posible identificar un patógeno y secuenciar su genoma con una celeridad sin precedentes en la historia de la ciencia. También es de agradecer que, aunque forzados por la situación, los políticos estén dedicando considerables fondos al estudio de la enfermedad, con lo que parecen haber entendido que la ciencia es una apuesta segura. Esperemos que no se les olvide cuando todo vuelva a la normalidad. Yo, hasta entonces, lo pondría en cuarentena.

Referencias

Prashant Pradhan, Ashutosh Kumar Pandey, Akhilesh Mishra, Parul Gupta, Praveen Kumar Tripathi, Manoj Balakrishnan Menon y cols. Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag. BioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871

Kangpeng Xiao, Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, Niu Zhou, Xu Zhang, Jie-Jian Zou y cols. Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.17.951335

Xingguang Li, Junjie Zai, Qiang Zhao, Qing Nie, Yi Li, Brian T. Fole y cols. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross‐species analyses of SARS‐CoV‐2. J Med Virol 2020. doi: 10.1002/jmv.25731

Philippe Gautret, Jean-Christophe Lagier, Philippe Parola, Van Thuan Hoang, Line Meddeb, Morgane Mailhe y cols. Hydroxychloroquine and azithromycin as a treatment of COVID-19: results of an open-label non-randomized clinical trial. Int J Antimicrob Agents 2020. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2020.105949

Canese K, Weis S. PubMed: The Bibliographic Database. 2002 Oct 9 [actualizado 2013]. En: The NCBI Handbook [Internet]. 2ª ed. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US). Disponible en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK153385/

Otros recursos

Web de bioRxiv: https://www.biorxiv.org/

Entrada en la web de la OMS sobre MERS-CoV: https://www.who.int/news-room/q-a-detail/middle-east-respiratory-syndrome-coronavirus-(mers-cov)#

 

Para leer más: te dejamos la entrevista con Pedro M. Martínez, profesor del Máster en Análisis Inteligente de Datos Masivos

Comentarios

Muy interesante y fácil de seguir. Solo un comentario: creo que en la última palabra de las conclusiones en lugar de "cuarenta" podrías querer decir "cuarentena". Un saludo

Muchas gracias por el comentario. Ya se corrigió cuando nos dimos cuenta. Un saludo.

Es evidente que las crisis requieren cambios urgentes y medidas extremas, muchos de los cuales no son estudiados a fondo en su contenido, calidad e impacto. De ahi que sean fruto de malas interpretaciones, y de aquellos oportunistas que usan la información o su desinformación para tener un papel protagonistico y destacar por encima de todo, sin importar que el resultado sea contradictorio incluso imprudente. En todo caso, es muy cierto que cuando se llega a la normalidad estos cambios y medidas, especialmente las que realmente sirven, se relajan e incluso se olvidan. Por lo tanto, esperemos que este no sea el caso y, que deje un precedente para tener siempre en cuenta en todos los ambitos: político, científico y social.

Evidentemente lo de los medios de comunicación es de traca, carecen de responsabilidad casi siempre que publican una noticia científica, incluso en el caso de artículos autopublicados en tiempo récord y que no son evidencia de nada, como el que se nombra, los medios de comunicación no publicarán luego otra noticia explicando el tema de la revisión por pares e investigando ese tipo de prácticas en según que revistas, porque eso no dará clicks. Al margen de todo eso me parece interesantisimo y como tema para profundizar mucho el tema aplicada-básica y como de profunda es esa simbiosis en una situación tan crítica como la actual, porque puede ser que sea solamente superficial debido a la necesidad de publicar. . Si ya fuera de una situación como esta la presión por publicar es una constante en el día a día, en una explosión tan caótica como la de ahora supongo que el publicar y mostrar avances en el covid 19 puede significar muchísimo dinero en proyectos a medio - largo plazo para muchos grupos de investigación, normal que se intente publicar todo. Ese dinero puede ser un extra o puede salir de otros proyectos ajenos al virus y estaríamos en las mismas en cuanto a los recursos que se le dedican a la ciencia, solamente lo habríamos movido de sitio. Pero por ser positivos, Una situación así quizás sirva para avanzar en las herramientas de optimizacion de los grupos de trabajo interdisplinares, cada vez más comunes en cualquier rama científica. Enhorabuena, un tema muy interesante el desarrollo de la convivencia científica básica - aplicada y en cómo podría ser que hubiera un problema dentro de la comunidad científica en cuanto al aumento de mala praxis. Un saludo

En tiempos de sobre exposición a información no siempre contrastada y conclusiones rápidas, se hacen necesarias voces , coma la del artículo, que reivindican la importancia del procedimiento científico y la necesidad de rigor en la presentación de resultados concluyentes. Además, el articulo presenta el tema de forma asequible para los profanos en ciencia, entre los que me incluyo. Salu2

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